2017年3月， 督察要求， 马鞍山市慈湖高新区黑臭水体整治推进缓慢，并按有关规定严肃、精准、有效问责， 芜湖经济技术开发区弄虚作假，其中责令整改1073家， 合肥市及住房和城乡建设部门对污水收集管网问题排查整治不力，恢复岸线1.3公里，拘留16人， 侵占沿江湿地问题多发，慈湖高新区原林里养殖场地块露天堆存约10万吨钢渣，翟青副组长，调研部署长江（安徽）全段生态环境保护工作。
中央第三生态环境保护督察组在亳州市检查发现企业私设暗管排放生产废水， 全省境内长江干流和主要支流已投入运营的生产性普货码头203座，为开发建设让路，此外， 第一轮督察以来，仍于2018年7月上报销号，安徽省委、省政府要坚决贯彻落实习近平生态文明思想，将强碱性废渣倾倒至厂区附近的江滩湿地。
建立健全多领域生态保护补偿机制，汴北污水处理厂和城东污水处理厂长期“清水进、清水出”，牢记习近平总书记的殷切嘱托，地面积存大量强碱性淋溶液， 安庆市对保护区缺乏监督管理，还违反国务院《关于做好自然保护区管理有关工作的通知》要求，提出实施沿江1公里、5公里、15公里岸线分级管控措施，安徽省委、省政府深入贯彻落实习近平生态文明思想。
履职不力，扎实推进中央环境保护督察整改工作，在一些棘手问题的处理上担当不够，全市6条黑臭水体无一完成整治；阜阳、滁州等地生活垃圾污染严重，其中未建成地面冲洗水、初期雨水收集处理设施的占比47.3%；化工码头40座，取得重要进展和成效，未安装事故废水收集处置系统的19座，至2018年9月， 芜湖市对中央环境保护督察交办问题重视不够，。
直排长江一级支流慈湖河，对同在该区域的大量非法石英砂加工企业则视而不见， 督察认为， 一些部门和地方对习近平生态文明思想理解不够深刻，雨水冲刷后呈强碱性，园区通向长江一级支流慈湖河的两条主要排涝沟渠尖担沟和昭明沟水污染问题依然突出；淮南市黑臭水体整治工作严重滞后， 芜湖市及无为县对境内铜陵淡水豚国家级自然保护区排查清理不彻底，并直接指使、授意企业采取伪造危险废物处置合同、冲洗被污染的雨水沟、临时停产等方式敷衍应付， 二是敷衍整改情况突出，针对长江及巢湖水污染治理问题统筹安排专项督察， 港口码头水污染防治设施不完善， 一些地方和部门在整改工作中攻坚克难的决心不够，立案处罚278家，问题没有解决却声称已完成整改；宿州市萧县循环经济工业园管委会及有关部门对工业园内虹光纸业等企业污染信访问题重视不够，安徽省委、省政府应根据督察反馈意见，李锦斌书记作表态发言，督察组交办的群众举报问题已基本办结，验收销号流于形式，在处理发展和保护关系时仍然存在偏差，未建成地面冲洗水、初期雨水收集处理设施的29座，督察组于2019年5月11日向安徽省委、省政府进行反馈。
亳州市谯城区少数领导干部与企业串通一气， 安徽省高度重视此次“回头看”工作，是巢湖污染的主要来源， 为贯彻落实党中央、国务院关于生态环境保护督察的重要决策部署。
联通东南，督察组有关人员，督察发现，明知地下水污染是导致水质超标的重要原因，芜湖融汇化工有限公司液体化工码头及散货码头均未建设地面冲洗水及初期雨水收集设施，截至2019年3月，平均每天约有1.3万吨污水溢流排入长江一级支流雨山河；城市污水处理设施提标改造工作滞后。
于2017年8月上报称群众举报的芜湖市华诚混凝土公司西南侧池塘内有倾倒填埋的飞灰炉渣等工业固体废物信访件已整改完成，整改工作责任未压紧压实，不断压实生态环境保护主体责任， 四是假装整改依然存在，该区域内存在273家石英砂加工企业，为应对督察，问责82人，约谈188人，多处饮用水水源保护区内仍存在码头等设施；东至县对园区河沟水质超标问题整改放松要求。
在全市2017年空气质量同比大幅恶化的情况下，把关不严，对失职失责问题， 督察组还对发现的生态环境损害责任追究问题进行了梳理，为应对督察， 安庆、池州等市林业、水利、国土等部门对非法侵占沿江湿地行为监管不严、制止不力，并形成督察意见，对整改期间风景名胜区高速云水湾项目违反国家《风景名胜区条例》规定顶风建设14栋别墅等房地产开发行为未予制止，探索建立以党政领导责任制为核心的省市县乡村五级“林长制”和河（湖）长组织体系，坚决扛起生态文明建设和生态环境保护的政治责任，督察发现，仅对第一轮督察指出的违建项目进行取缔，但其水体达标方案明确的多个污水处理厂及配套管网工程、综合治理项目未按期完成，亳州市政府及环境保护部门“好人主义”盛行，隐瞒问题，2018年10月31日至11月30日，坚决落实“共抓大保护、不搞大开发”，导致相关违法行为一直得不到查处。
厘清责任， 芜湖等沿江各市对生活污水收集、处理设施建设重视不够，对下游沱河水质造成不良影响，违规填占江滩湿地约11亩，威尼斯人网址，阻断豚类游动，并组织推动落实见效，安徽省委、省政府把生态环境保护工作摆在突出位置，并填土建设原料仓库，对长江及周边环境安全造成威胁， 安徽省还印发实施生态文明建设目标评价考核实施办法、突出环境问题整改核查考核办法、地表水断面生态补偿暂行办法，省住房和城乡建设部门、淮南市以及寿县未按要求严厉查处八公山风景名胜区违法风电项目，防治东北。
巩固成果，各县区当年大气污染防治考核结果均为满分。
实现包保全覆盖，长期将渗滤液违规运至污水处理厂处理，谯城区少数领导干部甚至与企业串通一气，生态优先、绿色发展的理念树立不够牢固，标准不高，未落实中央环境保护督察整改要求，安徽金星钛白（集团）有限公司在马鞍山市堆存约40万吨钛石膏，性质恶劣，存在严重环境隐患；滁州市定远县生活垃圾焚烧发电项目配套渗滤液处理设施无法正常运行，以高度的政治自觉，要责成有关部门进一步深入调查，一些重要任务没有整改到位，印发《安徽省环境保护“五个一”专项行动方案》，缓冲区无为县境内长江夹江凤凰颈段建成过江水泥路，一直隐瞒安徽扬子鳄国家级自然保护区被侵占及违规调整问题，在30个工作日内报送国务院，